案件上報(bào)大理寺，大理寺將此案梳理一遍后判定阿云婚事無(wú)效，不必問(wèn)斬，但其謀殺已傷，按律當(dāng)絞。許遵不服，上書表示抗議。宋神宗對(duì)案件大致了解后決定支持大理寺的判決，但本著皇帝寬厚的宗旨，特下旨免其死罪。

　　不料許遵仍繼續(xù)上書，表示抗議，因?yàn)榘⒃泼馑啦皇且驗(yàn)樗f(shuō)的自首免罪，而是來(lái)自于皇帝的寬容，這是對(duì)他多年審案能力的質(zhì)疑，他無(wú)法接受。于是案件轉(zhuǎn)到刑部、審刑院進(jìn)行商議，刑部、審刑院均支持大理寺的判決，認(rèn)定阿云當(dāng)處絞刑。

　　就在案件爭(zhēng)論不休的時(shí)候，許遵碰巧被任命到大理寺就職。此案還未最終宣判，侍御史怕許遵來(lái)到大理寺對(duì)此案有所干擾，于是上書要求暫停許遵大理寺之職的任命。

　　許遵針對(duì)刑部和審刑院的意見再度上書抗議。宋神宗只得召集翰林院、中書門下、樞密院共同商議此事。宰相、樞密使，翰林學(xué)士、知制誥等大大小小的官員針對(duì)此事各抒己見。至此，大理寺、刑部、審刑院、翰林院、中書門下、樞密院五個(gè)部門以及一些相關(guān)部門的所有官員全部參與到此案中來(lái)，規(guī)模之大前所未有，一時(shí)間轟動(dòng)朝野上下。

　　文彥博、呂公弼、司馬光、唐介等人認(rèn)為阿云被抓捕后才承認(rèn)，不能算自首，按律當(dāng)絞。王安石、陳升之、韓絳等人認(rèn)為阿云算自首，應(yīng)判流放。到底應(yīng)被判絞刑還是流放，一生一死千差萬(wàn)別，大家爭(zhēng)得面紅耳赤也沒(méi)爭(zhēng)出個(gè)結(jié)果。于是，登州阿云案從案發(fā)的治平四年一直拖到熙寧元年七月。

　　一天，宋神宗傳召分別代表兩派不同意見的王安石、司馬光前來(lái)商議此案，希望盡早將其平息。

　　兩人行禮后，宋神宗開門見山地說(shuō)道：“阿云案持續(xù)了一年，懸而未決，兩位卿覺得應(yīng)當(dāng)如何判決？”

　　司馬光回答道：“臣以為阿云謀殺已傷，應(yīng)判絞刑?！?p>　　王安石看了眼司馬光，“阿云按問(wèn)即承，應(yīng)免所因之罪，按傷害論，判流放?！?p>　　司馬光當(dāng)即駁斥道：“她已經(jīng)被抓捕到衙門才坦白，豈能算自首？”

　　王安石道：“還未升堂審案，她便承認(rèn)就是自首。”

　　司馬光冷笑一聲，道：“縣尉先行盤問(wèn)，與是否升堂審案有區(qū)別嗎？她若真想自首，早就自首了，何必非等到衙役將其抓捕才自首，明明是她懼怕被用刑才不得已招供，你這分明是混淆視聽！”

　　王安石生氣道：“我哪有混淆視聽！”

　　兩人說(shuō)著說(shuō)著便吵了起來(lái)。宋神宗見狀急忙勸說(shuō)道：“兩位卿說(shuō)的都有道理，朕以為……”剛說(shuō)到此處，司馬光、王安石不約而同地安靜下來(lái)，望向宋神宗。宋神宗停頓片刻，道，“朕以為阿云也并非罪大惡極，不如就免其一死，判流放算了?！?p>　　司馬光當(dāng)即反駁道：“官家不可！”

　　“為何不可？”宋神宗問(wèn)道。

　　司馬光道：“如果阿云因?yàn)轫f阿大有惡逆之罪而殺她，那還能容忍，但如今她僅因?yàn)榉蚓嗝渤舐\殺之，有悖于禮！官家若是寬容了她，這不是助長(zhǎng)不良風(fēng)氣么！”

　　王安石道：“君實(shí)此言過(guò)矣，不過(guò)是一個(gè)小小的案子，何來(lái)風(fēng)氣之說(shuō)？”（司馬光，字君實(shí)）

　　司馬光直視王安石，反問(wèn)道：“這是一個(gè)小小的案子嗎？此案經(jīng)過(guò)數(shù)月審議，中書門下、樞密院、翰林、刑部、大理寺、審刑院等大大小小的官員都牽扯其中，人數(shù)之多前所未有。官家的判決早已不是簡(jiǎn)簡(jiǎn)單單的一個(gè)案件，而是涉及我大宋律法。之所以有死刑，就是為了讓那些十惡不赦之人有所忌憚。一旦此案開了先例，殺人不用償命，后人皆效仿之，怎么辦？”說(shuō)著對(duì)宋神宗道，“官家寬厚，對(duì)于犯婦難免心生惻隱，若是登州剛將此案上報(bào)朝廷，并未驚動(dòng)四方，官家皇恩浩蕩，赦免于她，臣無(wú)異議，但此事牽扯甚廣，必須秉公執(zhí)法，以正綱紀(jì)，還望官家三思！”

　　宋神宗思忖許久，難以決斷。

　　王安石啟奏道：“臣以為既然此事牽扯甚廣，官家更應(yīng)該樹立仁君的形象。阿云自首得以免除死刑，不正是向天下之人推崇犯了事要勇于自首從而改過(guò)自新嗎？”

　　司馬光怒目而視，駁斥道：“她若犯案后直接去自首，那自當(dāng)算其悔過(guò)?，F(xiàn)在是殺人未遂不得已招供，你還算她自首，那豈不是告知天下人殺人不用償命，只要?dú)⒘巳穗[瞞得好便可一世逍遙，就算有一天東窗事發(fā)，大不了被抓后坦白全部，然后說(shuō)自己是自首就能免于一死，豈不荒謬！”

　　王安石對(duì)一直在思考的宋神宗道：“到底該如何判決，還望官家明示！”

　　宋神宗思慮許久，道：“朕以為王卿所言極是，就判流放吧。”

　　司馬光愕然，當(dāng)即跪拜道：“還望官家收回成命！”

　　宋神宗年輕氣盛，對(duì)于認(rèn)定的事大多無(wú)轉(zhuǎn)圜余地，看了眼匍匐于地的司馬光，道：“司馬卿平身吧，這事就這么定了，無(wú)須再議！你們跪安吧?！闭f(shuō)著轉(zhuǎn)身離開。

　　王安石跪拜后，起身對(duì)仍做叩頭狀的司馬光道：“君實(shí)，官家已經(jīng)走了，起來(lái)吧。”

　　司馬光抬頭見屋內(nèi)已無(wú)宋神宗的身影，嘆了口氣，站起身來(lái)，對(duì)王安石呵斥道：“你這是助長(zhǎng)不正之風(fēng)！”

　　王安石聳聳肩，淡然道：“我大宋如今延續(xù)百年，各類政策法規(guī)早已出現(xiàn)問(wèn)題，我與官家意欲改變現(xiàn)狀，此次阿云案就當(dāng)是其中的一個(gè)小小的環(huán)節(jié)吧，君實(shí)切莫過(guò)于守舊?！闭f(shuō)完便離開了，留下司馬光一人愣在原地。

　　幾日后，宋神宗下詔：阿云謀殺已傷，按問(wèn)欲舉，自首，從謀殺減二等論。阿云被判流放，此案似乎畫上了一個(gè)句號(hào)。然后，詔書一出，滿朝嘩然，眾多官員紛紛上書，希望宋神宗收回成命，改判絞刑。宋神宗隨即表示此事無(wú)須再議，讓各位官員不必再就此事上書了。

　　此時(shí)王安石的新法雖未正式開展，但也顯露出端倪。朝中之人因?yàn)榉磳?duì)王安石推行新法而上書，不少人造到貶謫。針對(duì)此案，當(dāng)初反對(duì)流放的官員們大多數(shù)選擇三緘其口，反正事不關(guān)己，沒(méi)必要得罪宋神宗和王安石。

　　然而也有特例，參知政事唐介素來(lái)剛正不阿、敢于直諫，連續(xù)上書對(duì)此案以及新法之事表示反對(duì)，甚至多次與王安石爭(zhēng)論不休。一日，唐介與王安石吵得不可開交，忽感胸口疼痛，渾身不適，當(dāng)晚回家便病倒了。家人多方尋醫(yī)，怎奈唐介心中郁結(jié)難消，背部生瘡，最終不治而亡。